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Showing posts from April, 2017

Bioinformatics: journals that accept software papers

Source code for biology and medicine impact factor Bioinformatics Genome biology BMC genomics Genome research NAR Computational Biology and Chemistry:  1.014

web: SignUps Forbidden on Accounts.createUser of user

I'm getting the error "SignUps Forbidden" when i try to create a user account. Any ideas why? Here is how I solve this problem: $ meteor remove useraccounts:bootstrap Changes to your project's package version selections: coffeescript               removed from your project softwarerero:accounts-t9n  removed from your project useraccounts:bootstrap     removed from your project useraccounts:core          removed from your project useraccounts:bootstrap: removed dependency

Web: Iron:router page and layout are blank

1) Check the template name and make sure they are all right; 2) Check you package installed: meteor add twbs:bootstrap meteor add accounts meteor add accounts-ui References: https://forums.meteor.com/t/iron-router-page-and-layout-are-blank/21329

Web: Finding out the version of a package from within your Meteor APP

Checking .meteor/versions can easily get the version information. 

WGCNA example

## Code to run the network analysis for the PGC pathways paper ## Written by Neelroop Parikshak, neelroop@gmail.com ## R version 3.1.1 (2014-07-10) -- "Sock it to Me" ## Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit) ## This code will allow one to reproduce the co-expression networks in O'Dushlaine et al., 2015 ##### Goes through the following steps: ## 1) Get the dataset from GEO ## 2) Obtain updated annotations ## 3) Get necessary information for this study ## 4) Perform network analysis ## 5) Plot networks ## Obtain or load the necessary libraries ## Uncomment these lines if you do not have these packages ##source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ##biocLite(c("WGCNA", "GEOquery", "igraph", "biomaRt")) library(GEOquery) ## Automatically get GEO data library(biomaRt) ## Annotations from biomaRt (host is set to use Gencode v10) library(WGCNA) ## Weighted gene co-expresison network analysis package (v1.41.1) library

Meteor 0.6.6.1 - Login with Twitter - auth callback issue

With a simple  export ROOT_URL=http://server.mydomain.com:3000  in the app folder, everything worked like a charm References: http://stackoverflow.com/questions/19363677/meteor-0-6-6-1-login-with-twitter-auth-callback-issue

How do I reset twitter login configuration once I have set it for my meteor app?

$ meteor mongo MongoDB shell version: 3.2.12 connecting to: 127.0.0.1:3001/meteor Welcome to the MongoDB shell. For interactive help, type "help". For more comprehensive documentation, see         http://docs.mongodb.org/ Questions? Try the support group         http://groups.google.com/group/mongodb-user Server has startup warnings: 2017-04-05T21:08:28.261+0000 I CONTROL  [initandlisten] 2017-04-05T21:08:28.261+0000 I CONTROL  [initandlisten] ** WARNING: soft rlimits too low. rlimits set to 1881 processes, 4096 files. Number of processes should be at least 2048 : 0.5 times number of files. meteor:PRIMARY>  show collections meteor_accounts_loginServiceConfiguration meteor_oauth_pendingCredentials meteor_oauth_pendingRequestTokens users meteor:PRIMARY> db.meteor_accounts_loginServiceConfiguration meteor.meteor_accounts_loginServiceConfiguration meteor:PRIMARY> db.meteor_accounts_loginServiceConfiguration.find() { "_id" : "HYhPMfG

smoothScatter from fields

Image
cc<-read.table("TAIR10_chr_all.win2k.hdp2_rep1.hdp2-2-1_dmc_CXX_cutp1.res"); library("fields"); colramp = colorRampPalette(c('white', 'blue', 'green', 'yellow', 'red')); smoothScatter(cc[,9],cc[,11], colramp=colramp, postPlotHook = fudgeit, ylim=c(0,100)); abline(h=mean(cc[,11]),lty="dashed",col="red"); abline(v=0,lty="dashed",col="red");

zz: 总结一下骑驴找马的经历

From MITBBS 时间过得飞快,四年以前的三月份,我写了找工作的经历,见: http://www.mitbbs.com/article_t/Faculty/31498987.html 去年九月份,我写了评Tenure的经历: http://www.mitbbs.com/article_t/Faculty/31832183.html 今天我又要不能免俗的写骑驴找马的经历了。 起因:工资低,系主任亲口告诉我只能上市场拿个offer才能多涨点儿 工资,当然就有三个可能的后果:第一,啥都拿不到,我只能灰溜溜 的接受低工资;第二,拿到好的offer,我可能就会直接跳槽走人;第 三,拿到不理想的offer,院长给涨点工资,留在这里继续干。系主任 明说他希望是第三个情形。我心说,我当然要争取是第二种情形,进 退自如。 于是去年九月底开始准备申请材料。因为我认识很多人,推荐信当然 是没有任何问题的。关于教学的推荐信,我找了本系管教学的教授, 我们关系很好,这个教授也很理解我的处境和动机,我相信她的心情 也一定是很复杂的。 骑驴找马很困难,因为大部分学校限定招Assistant Professors。 我联系了很多个学校里认识的教授,得知很多位置比较沾边但是都不 是十分匹配。匹配很重要。于是我海投,反正大部分就是点几下鼠标 的事儿。 结果:四个onsite,最后拿到了一个offer。最后给offer的这个学校各 方面都比我现在的学校强,特别是工资要高一些。他们不愿意直接给 我Tenure,我可以理解,毕竟我在现在的学校,也还在等Provost最 后的批准信。他们offer 给我Associate professor without Tenure, 三年之后给Tenure。这个可以接受,我当然希望他们能改成两年或者 一年之后Tenure,那样省很多事。我十有八九会接受offer。 我们的系主任他估计早就有心理准备了,但是当我跟他讲这个offer 的时候,他还是有点难过的样子,因为十有八九院长不会beat这个 offer,那样就是逼着我走了。 多说几句:那个给offer的学校,他们的需求跟我的研究,有七八分的 匹配。但是很显然他们系里绝大多数人认为我的研究是不错的,差就 差在那两三分的不匹配上。这时候

zz: 准备从offer了。分享历程,回馈本版。

reference: http://www.mitbbs.com/article_t/Faculty/31885861.html 准备签了offer发回去了。R1大学tenure track position搞定,算是对自己和家人也有 个交待。披马甲分享自己找工作的心路历程回馈本版,希望能够帮到还在申请的后来人 ,特别是非牛校出身的战友们。顺便发10个包子。 先说下背景。苦逼专业之一,中度火坑。公立大学非牛校PhD(专排不在前40),排 名比较靠前的公校(US News世界前50)第一站博后,top私校第二站博后。文章,5篇 本领域顶级(不算N子刊,大概物理的PRL,化学化工的JACS,材料的AM这种水平)期刊 ,一篇二线N子刊,以及挂名文章若干(大约10篇)。博士和两个博后,三个阶段都有 一作文章。推荐人无院士。 PhD期间经历了无数劝退,包括同组师兄。现在仍然很感激他们,因为他们说的大部分 都是对的,这条路的确不容易。但是我早下定决心做faculty,PhD导师也是按这个目标 选的,不会动摇。 第一站博后做得并不顺利,虽然发了文章,但是发现一个我寄予厚望的领域,并不是我 未来想做的方向。老板人不差,我也很尊重他。可是他对手下找教职并不热心,并且 push得没时间想未来的方向,只得离开。 第二站博后在某top私校。老板是AP,还没发过文章。我到了这里帮他发了独立后第一 篇文章。他自己几年前是市场上的star,面试了很多学校,他的经验对我大有帮助。 大家知道top私校都在房租最贵的地方。签合同找房子时,发现自己的博后工资交完税 和保险后,不吃不喝也只能租通勤50-60分钟的公寓。而当时第二站博后老板刚起步, 科研上很多东西没有搞清楚,还有很多杂事也会由我负责(因为我是唯一博后),所以 如果我来他的组,肯定要早中晚三班工作,每周70-80小时,否则就是逗自己玩,发考 题无望。我知道这是我能够走上学术道路的最后一搏,于是向父母求援。父母很支持, 很快打来了45k借款:如果走学术路线失败,去工业界工作,两年内还清。如果找到研 究型大学的AP,借款一笔勾销。于是我贴上自己的积蓄,找了离实验室走路5分钟的公 寓,开始了第二站博后。事后发现这一决定很正确,我利用多出来的工作时间验证了好 几个假设,搞清楚了老板一个不